Superpočítač vytvoří evoluční strom viru HIV
Superopočítač Roadrunner z Los Alamos National Laboratory dostal nový úkol: zkoumat sekvence viru HIV.
Sdílet
Primárně je projekt orientován prakticky, tj. znalosti o genetice by měly pomoci při vývoji vakcíny, samozřejmě ale výsledky budou mít i teoretický význam – zjistíme leccos o evoluci parazitů, o tom, jaké zde působí selekční tlaky atd.
Vědce hlavně zajímá, zda se nějak liší genetická informace virů pacientů s akutní fází AIDS, a těmi s fází chronickou. V rámci projektu by se mělo porovnávat až 10 000 sekvencí nukleové kyseliny (HIV je RNA virus) získané od 400 pacientů. Problém s virem HIV je mj. v tom, že jako reakce na imunitní odpověď organismu rychle zmutuje. Bylo by proto dobré dokázat vyvinout takovou vakcínu, která imunitnímu systému umožní zakročit proti viru ještě předtím – tj. rozpoznat ho ve všech dnes existujících podobách. V tuto chvíli jsme schopni z jednoho infikovaného člověka získat až 100 000 sekvencí „různých“ virů HIV, proto je nutná analýza pomocí superpočítače.
O superpočítačovém systému Roadrunner, který pro Los Alamos National Laboratory vybudovala IBM, se zde psalo již několikrát. Viz např. Superpočítačům vévodí systém v Los Alamos.
Zdroj: Sciencedaily
Komentáře
Napsat vlastní komentář
Pro přidání příspěvku do diskuze se prosím přihlašte v pravém horním rohu, nebo se prosím nejprve registrujte.