Student World

Molekulární biologové z laboratoří EMBL v německém Heidelbergu vytvořili software, který by mohl výrazně zautomatizovat a urychlit proces mikroskopování.

Přes obrovský pokrok ve výrobě mikroskopů se totiž na samotném procesu dosud měnilo jen málo. Analýza mikroskopovaných vzorků a sledování procesů v čase (např. průběh růstu bakteriálních kolonií) vyžaduje kvantum lidské práce. Teď by mohla nastat změna – Jan Ellenberg a Rainer Pepperkok z EMBL totiž vyvinuli systém Micropilot.

Jedná se v podstatě o software pro rozpoznávání vzorů. Stačí ho naprogramovat na hledaný vzor (např. určitý typ buněk) a zbytek se už zařídí automaticky na základě analýzy snímků s nízkým rozlišením. Ty se zase získají automatickým posouvání zorného pole a sledováním vzorků v čase.

Jakmile je objeven hledaný vzor, může na něj software například zaostřit, pořídit snímky s vysokým rozlišením, objekt dále sledovat a nebo i automaticky provádět jiné předprogramované postupy – třeba použití laseru a záznam jeho interakce s fluorescenčně označenými proteiny.

Jeden z těchto experimentů se bez lidské obsluhy mohl provádět celé 4 dny. Micropilot při něm detekoval 232 buněk nacházejících se ve dvou různých fázích buněčného dělení a zaznamenal jejich vlastnosti. Zkušený lidský experimentátor by na podobný úkol údajně potřeboval minimálně měsíc, přičemž by se pracně mořil, aby odhalil dělící se buňky mezi dalšími buňkami vzorku.

Kód softwaru Micropilot je k dispozici jako open source na webu European Molecular Biology Laboratory zde.

Článek o novém systému byl publikován v časopisu Nature Methods.

Zdroj: ScienceDaily

Obrázek: ilustrační, bakterie Escherichia coli

autor