Student World

Proteomika, spolu s genomikou a transkriptomikou, se řadí k moderním přístupům molekulární biologie, které zásadním způsobem ovlivňují vývoj v oboru. Termín "proteomika" byl poprvé uveden na konferenci v Sieně v roce 1994, v době, kdy byly plně sekvencovány první genomy jednoduchých organizmů a kdy se rozbíhal projekt sekvencování lidského genomu. Proteom tam byl definován jako proteinový komplement genomu.
Cílem je identifikovat veškeré proteiny syntetizované buňkou daného organizmu nebo tkáně. Vznikla celá řada proteomových databází a tzv. interaktivních proteinových map. Informace o těchto databázích se shromažďují na serveru Expasy (Swiss Institute of Bioinformatics, www.expasy.ch), který koordinuje proteomovou bioinformatiku a navrhuje pravidla pro tvorbu proteomických databází.
Oproti statickému genomu, kde informace v něm obsažená je konstantní, je proteom dynamický a mění se s fyziologickým stavem buňky, s reakcí na změny v prostředí apod. Analýza proteomu se tak stává velmi komplikovanou. Proteomika se v posledních letech soustřeďuje nejen na identifikaci proteinů, ale především na mapování a rozbor změn v proteomu v závislosti na změnách vnějších podmínek i fyziologických změnách uvnitř buňky. Skupině bioinformatiků a molekulárních biologů v Mikrobiologickém ústavu AV ČR (J. Vohradský, I. Janda, J. Novotná, J. Weiser) se ve spolupráci s Biocentrem Univerzity v Basileji podařilo vytvořit proteomovou databázi dvou organizmů – půdní bakterie Streptomyces coelicolor, reprezentující průmyslově důležité aktinomycety, a bakteriálního modelu buněčného cyklu Caulobacter crescentus – a uvést do provozu server, který umožňuje přístup k oběma databázím. Databáze obsahují kvantitativní informace související se změnami proteomu během vývoje bakteriální kultury. Jsou uloženy na serveru "SWICZ", který sídlí v Mikrobiologickém ústavu, a jsou volně přístupné pomocí webového rozhraní na adrese http://proteom.biomed.cas.cz. Server je první tohoto druhu uvedený do provozu ve střední Evropě.

Podle Akademického bulletinu 12/2001, http://www.kav.cas.cz/press/stranky/archiv/ab/2001/12/ab.htm.

autor Ing. Jiří Vohradský, PhD., Mikrobiologický ústav AV ČR