Fakticky to znamená likvidaci AV ČR a zánik soustavy jejích pracovišť, jedné z nejvýkonnějších složek VaV v ČR, a to v situaci, kdy celkové výdaje státního rozpočtu na VaV (coby jedné z hlavních deklarovaných priorit vlády ČR) v nejbližších třech letech klesat nebudou.

Rozhodujícími skutečnostmi, které vedly ke snížení rozpočtu kapitoly AV ČR, byl postup, jakým RVV aplikovala závěry hodnocení výsledků VaV a způsob, jakým RVV vyložila příslušné paragrafy novelizovaného zákona o podpoře VaV pro přípravu tohoto rozpočtu. Vedle naprosté nevhodnosti použité metodiky, která zásadním způsobem znevažuje kvalitní výsledky ve VaV, se jasně prokázalo to, co pravidelně zdůrazňují odborné instituce zabývající se hodnocením výsledků výzkumu v zahraničí: samotné numerické a bibliometrické výstupy z hodnocení nelze použít pro určení výše podpory výzkumných organizací. V případě pracovišť AV ČR je navržený drastický pokles financování v přímém rozporu s tím, že samo hodnocení potvrdilo nejen kvalitu jejich výsledků, ale i skutečnost, že tato pracoviště představují jednu z nejvýkonnějších složek výzkumu v ČR. Dalším významným faktorem byl způsob přípravy rozpočtové kapitoly AV ČR, kdy se RVV místo věcného jednání nad rozpočtem VaV jako celkem zaměřila na jednu rozpočtovou kapitolu vytrženou z celkového kontextu a na ospravedlňování svého likvidačního návrhu falešnou argumentací založenou na vadných výstupech aplikované metodiky.

AV ČR považuje myšlenku poskytování institucionální podpory na základě hodnocení dosažených výsledků za správnou a v souladu s cíli Reformy VaV zaměřuje svou vědeckou činnost především na špičkový mezinárodně srovnatelný základní výzkum. Výstupy z platné metodiky hodnocení výsledků VaV však potvrdily již mnohokrát zdůrazňovanou zásadní nevhodnost metodiky a její aplikace na rozpočet. V konečném důsledku to vede ke zřetelné preferenci méně kvalitních výsledků jak u základního, tak i u aplikovaného VaV. Takto jsou upřednostňovány výsledky bez širšího a jasného uplatnění.

Metodika a její aplikace tak popírá hlavní cíl Reformy VaV, kterým je zvýšení přínosů VaV  pro ekonomiku a společnost podporou kvality a excelence. Protismyslně staví proti sobě jeho dvě nejvýkonnější složky – Akademii věd a vysoké školy, což ve svých důsledcích povede k útlumu vzájemné spolupráce a bude mít značné dopady na kvalitu vědecké výchovy. Takový trend je zcela v rozporu se záměry Reformy a s deklarovanými zájmy České republiky i Evropské unie v oblasti VaV.

Přijetí tohoto hrubě restriktivního rozpočtu znehodnotí dosavadní investice do lidského a materiálního potenciálu AV ČR a zásadním způsobem sníží výkon českého výzkumu, což se v delším časovém horizontu nutně promítne i do vývoje konkurenceschopnosti České republiky. I když AV ČR představuje pouze 15 % výzkumné kapacity ČR, je jedním z hlavních producentů kvalitních výsledků VaV: podle aktuálního hodnocení za období 2003-2007 činí podíl AV ČR v nejprestižnější kategorii článků ve špičkových mezinárodních časopisech více než jednu třetinu (zhruba 38 %), v AV ČR vznikla rovněž skoro třetina patentové produkce ČR a AV ČR se podílí cca 43 % na citačním indexu celé ČR.

Dále je třeba očekávat snížení celkového počtu pracovníků VaV, masivní odliv špičkových vědců do zahraničí nebo do komerční sféry a ukončení mnoha projektů domácí a mezinárodní spolupráce ve výzkumu, což v konečném důsledku poškodí reputaci české vědy a České republiky i v mezinárodním kontextu.

Omezování kvality a excelence ve VaV je v přímém rozporu se současnými trendy globalizovaného světa, kde je zvyšování konkurenceschopnosti vázáno na rozvoj znalostní ekonomiky, vysokého vzdělání, vědy a výzkumu a na podporu jejich synergií. Přestože deklarovaným cílem Reformy VaV v ČR bylo omezit nekvalitní výzkum a peníze nasměrovat tam, kde se kvalitní výzkum provádí, je zcela zřejmé, že RVV míří opačným směrem, tedy k podpoře průměrnosti, a to dokonce za cenu destabilizace celého sektoru VaV v ČR.

Pokud však RVV nabyla přesvědčení, že AV ČR je tím destabilizujícím faktorem v systému VaV v ČR, pak by bylo korektní přijmout přímé politické rozhodnutí s konkrétní osobní odpovědností všech jejích členů za výše zmíněné důsledky. V opačném případě je třeba, aby RVV přiznala vadnost současného postupu a v krizové situaci přijala odpovídající krizové rozhodnutí.