Míra genetické příbuznosti mezi jednotlivými národnostmi a skupinami samozřejmě hodně napovídá o migračních pohybech, k nimž docházelo v dávné i méně dávné minulosti. Tak se občas můžeme setkat třeba s tvrzením, že "polovina evropských genů pochází z oblasti Blízkého východu". Jaký význam má zkoumat pohlavní chromozómy?
Dosti velký. Není totiž důležitá pouze míra celkové příbuznosti, ale i příbuznosti na pohlavních chromozómech. Představme si jeden možný scénář toho, co se jistě mnohokrát odehrálo v prehistorické i historické době: Nájezdníci přijdou do určité oblasti a ovládnou ji. Co můžeme nadále očekávat? Ženy nájezdníků nebudou mít děti s muži podmaněného národa (ti budou možná dokonce pobiti), opak však platit nebude. Když se situace uklidní, bude mít v sobě smíšené nové obyvatelstvo i geny původního etnika, nikoliv však geny nacházející na mužském chromozómu. Původní muži téměř vymřeli bez potomků.
Úplně jiná bude situace v případě, že obě etnika se budou mísit pozvolna, aniž by jedno nad druhým jasně dominovalo. Podobnost celková a podobnost na chromozomu Y by si měly odpovídat.
Genetické výzkumy daly například následující výsledky: Finové jsou poměrně blízcí Indoevropanům, ovšem jejich chromozom Y se velmi blíží dalším ugrofinským etnikům ze severní Asie (ugrofinští přistěhovalci přitom současně dokázali převládnout i "jazykově").
Naproti tomu míra podobnosti evropské populace s národy dnes žijícími na Blízkém východě se příliš neliší podle pohlaví. Z toho lze vyvodit, že první zemědělci původní obyvatelstvo především přečíslili (v jihovýchodní a střední Evropě) a nebo že nová technologie byla spíše přejímána, než aby byla spojena s migrací (západní a severní Evropa).
Zajímavé by bylo zjištění, jak genetickou mapu ovlivnilo období velkých zámořských objevů. Lze předpokládat, že například do Mexika dorazilo podstatně větší množství Španělů než Španělek. Současní Mexičané by tedy geneticky měli mít blízko k původnímu indiánskému obyvatelstvu – až na chromozom Y, který bude podstatně "evropštější".
Migrační pohyby se v minulosti zřejmě podstatně odlišovaly podle toho, zda se jednalo o stěhování celých kmenů a nebo pouze mužů (vojenské tažení apod.).
Zajímavé by mohly být i výsledky, které by dalo zkoumání genetických map menšin (ortodoxní Židé, Rómové apod.). I zde by možná vyšlo, že míra příbuznosti se liší a je různá pro genom jako takový a pro chromozom Y. Těžko však predikovat, jakým směrem.
Ještě k výše popsanému vývoji u Finů. Lze zformulovat hypotézu, že potomky s ženami podrobeného obyvatelstva měla především vládnoucí vrstva (možná zde existovala i polygamie apod.). Mezi dětmi lidí ve vyšším společenském postavení je větší podíl synů. Je možné, že i rozdíly v tomto tzv. sex ratiu mají vliv na následnou genetickou situaci. Původní "indoevropští" muži neměli v potomstvu takové procento synů a "indoevropský Y chromozom" díky tomu z populace dále mizel.
