Molekulární biologie odhalila již řadu zajímavostí týkajících se evoluce vyšších rostlin. Podařilo se například dokázat, že přesličky jsou ve skutečnosti kapradiny. Jako největší záhada zůstává v tuto chvíli zřejmě otázka původu krytosemenných rostlin.
Jedná se o "skutečnou" skupinu, která pochází ze společného předka (tedy tzv. monofyletický původ), nebo spíše o náš umělý konstrukt a krytosemennost se vyvinula u nahosemenných rostlin paralelně nezávisle na sobě?
V tuto chvíli převládá první přístup, ale řada botaniků proti němu vyslovuje své námitky. A i kdyby platila první varianta, stále zbývá odpovědět na otázku, jak vlastně první krytosemenné rostliny v období křídy vypadaly. Šlo o trávy, keře nebo stromy podobné současným magnóliím? V současnosti většina autorů preferuje myšlenku, že první krytosemenné rostliny byly spíše byliny a drobné keříky obývající marginální stanoviště. U takovým rostlin s relativně nestabilním prostředím a krátkou dobou života by také nejrychleji probíhala diverzifikace do obrovského druhového bohatství,které u krytosemenných rostlin existuje již na samém počátku třetihor. Samozřejmě – tyto všechny úvahy mají smysl za předpokladu, že krytosemenné rostliny opravdu pocházejí ze společného předka.
Brigs a Walters uvádějí, že na evoluci krytosemenných rostlin měla zřejmě významný podíl jejich koexistence s různými skupinami živočichů – jednak s býložravci, kteří je spásali, jednak s hmyzem zodpovědným za jejich opylování. Opylovači byli lákáni především specifickým pachem (i barvou květů). Na syntézu takových látek probíhala zřejmě již během křídy velmi silná selekce, což je zřejmě také příčinou velmi rychlého vývoje krytosemenných rostlin.
Poslední zajímavou otázkou je pak problém geografického původu krytosemenných rostlin. Jejich vznik totiž spadá do doby, kdy se původní prapevnina Pangea začala rozpadat. Moře Tethys od sebe oddělilo severní Laurasii a jižní Gondwanu. Někteří biologové se domnívají., že krytosemenné rostliny vznikly v Gondwaně, jiní pokládají celou otázku na současném stupni poznání za neřešitelnou.
Zdroj: D. Briggs, S. M. Walters: Proměnlivost a evoluce rostlin, Univerzita Palackého, Olomouc, 2001
