Memetika nemá pouze své horlivé zastánce, ale i kritiky. Nemáme teď na mysli spor o to, zda jsme něčím jiným než souborem memů, ani poměrně problematický vztah memů k lidskému mozku či lidské kultuře. Jde spíše o odpůrce celého odvětví "jako celku".
Vlivný americký evoluční biolog Stephen Jay Gould označil memetiku za nicneříkající a zbytečnou analogii (mezi Gouldem a vynálezcem memetiky Richardem Dawkinsem ovšem existují spory téměř ve všem — Dawkins si v této souvislosti stěžuje, že ho z ideologických důvodů napadají nejen konzervativní křesťané, ale i "vysocí kněží levice"), Allen Orr, genetik z univerzity v Rochesteru, pak rovnou za coctail-party science.
Přírodní výběr dle Orra funguje náhodně, aniž by rodiče mohli nějak uvážlivě modifikovat vlastnosti svých potomků. Právě tato rovina se v případě memů jaksi stírá. Evoluce memů nemá tedy charakter náhodného, statisticky řízeného procesu a veškeré paralely s Darwinovou teorií jsou proto velmi pochybné. Newton neobjevil své zákony tak, že by generoval tisíce možností a pak si mezi nimi jednu vybral, eventuálně nějak "nechal vybrat".
Memy mají dle Orra na rozdíl od genů nějaký vztah k objektivní pravdě/logice, naproti tomu neexistují nějak "pravdivé" či "nepravdivé" geny.
Vsuvka na okraj: Pravdivost a nepravdivost memů ovšem nepopírá ani Richard Dawkins, který je ve svých názorech mnohem umírněnější než někteří jeho radikální následníci. Tak odmítá např. tvrzení Susan Blackmoorové, autorky velmi kontroverzní knihy Mem Machine, že my jsme pouze našimi memy a geny. Stejně tak Dawkins tvrdí, že např. některé vědecké hypotézy jsou také objektivně pravdivější než ty jiné. To Jan Zrzavý v doslovu k českému vydání Sobeckého genu naopak zajde tak daleko, že označí tvrzení "pravda vítězí" za definici kruhem (tautologii). Dle Zrzavého je pravda definována právě jako myšlenka, která zvítězila…
Nutno říct, že v takto vyhrocené podobě není onen názor příliš rozšířený a popravdě řečeno mi subjektivně nepřijde ani příliš stravitelný (což však samozřejmě mnoho neznamená). Memetici se každopádně spíše než úvahami o pravdivosti memů zabývají mechanismy jejich šíření.
Lingvista Stephen Pinker z MITu říká, že celá idea memů je sice užitečná a inspirativní, ale jde spíše o metaforu než o skutečnou vědu. Podle Pinkera berou úvahy o mozku jako o hnízdu memů tento orgán za pasivní. Mozek je ale aktivní, lidé, včetně k “nákaze” nejvíce náchylných dětí, jsou si vědomi sami sebe. Tak jako nemůžete operovat bez narkózy, tak ani mozek nemůže být prostě "nakažen" memy.
A co na kritiku namítají zastánci memetiky? Je pravda, že paralely mezi genetikou a memetikou nemusí být stoprocentní. Stejně tak však stojí za pozornost koncepce, podle které ani přepis genů není něčím mechanickým. Anton Markoš ve známé a lehce kontroverzní knize Tajemství hladiny konec konců tvrdí, že i projev genomu je spíše něco jako interpretace textu, která může probíhat řadou způsobů (byť samozřejmě ne libovolně). Ani geny se mechanicky nepropisují do nějaké pasivní matrice. Tudíž mezi geny a memy nemusí být v tomto ohledu zásadní rozdíl a memetika by byla obhájena.
Pokud za jeden příklad memu vezmeme jazyk, můžeme vývoj jazyka pokládat za analogii darwinovské biologické evoluce (dokonalejší jazyk je evoluční výhodou, neboť v něm lze efektivněji komunikovat). Opět je však třeba vzít v úvahu i to, že řada evolučních biologů se k podobným paralelám staví spíše negativně (např. A. Flégr ve skriptech Mechanismy mikroevoluce).
Spory přetrvávají, jak poznamenává Richard Dawkins, slovo mem se však mezitím minimálně stalo velmi úspěšným memem :-).