Mitochondriální DNA dělíme pouze po matce. Pokud rychlost mutací této DNA postulujeme jako konstantní, můžeme porovnáním sekvencí u různých lidí zjistit jednak vzájemnou odlišnost jednotlivých skupin populace, jednak dobu, kdy žil poslední společný předek všech dnes žijících lidí. Kde je problém celé koncepce?
Na určité nepřesnosti, které jsou spojené s chápáním pojmu "mitochondriální Evy", upozorňuje Richard Dawkins ve své knize "Řeka z ráje" (Archa, Bratislava, 1996).
Především, mitochondirální Eva není rozhodně posledním společným žijícím předkem všech lidí. Jde o to, že jde o nejmladšího společného předka, jejíž DNA se zachovala v čistě mateřské linii. Pravděpodobně jsou mezi námi dosud i potomci jejích sester – ovšem ona řeka mitochondirální DNA byla v tomto případě přerušena.
Máme šestnáct praprarodičů a pouze jeden (jedna) z nich je v čistě ženské linii. S pravděpodobností, která hraničí s jistotou (opak by byla neuvěřitelná náhoda) máme ještě mladšího společného předka. Důležité však je, že čas, kdy žila předpokládaná mitochondriální Eva, má význam limity – je horní hranicí doby oddělení, současní lidí se tedy určitě nerozdělili dříve než před 200 000 lety.
Posledním společným předkem všech dnes žijících lidí byl také spíše muž než žena – je myslitelnější, že muž bude mít obrovské množství potomků s různými ženami, u ženy je maximální počet dětí limitován biologicky.
Porovnání mitochondriální DNA všude na světě pak ukazuje, že pravlastí člověka dnešního typu je Afrika. Různí pitekantropové z Javy, sinatropové z Číny ani heidelbergenský člověk ze střední Evropy našimi předky téměř jistě nejsou – lze dokonce předpokládat, že je lidé dnešního typu vyhladili.
Ještě zajímavější však je, že uplatnění důsledně kladistické taxonomie (tj. zohledňující pouze evoluční větvení) vede i k nabourání pohledu na současné lidské rasy. Namísto dělení černí – bílí – žlutí dostáváme spíše strom:
A1 – někteří Afričané
A2 – všichni ostatní lidé
A2A – někteří Afričasné
A2B – neafrická etnika
A2B1 – europoidní rasa
A2B2 – všichni ostatní (atd.)
Část Afričanů má tak ve skutečnosti blíže k dalším etnikům než k jiným Afričanům. Vydělení europoidní rasy by odpovídalo odchodu lidí z Afriky. Skupina A2B2, tedy "všichni ostatní", by nezůstala v oblasti Blízkého východu, ale pokračovala by dále na východ, přičemž v průběhu by docházelo k dalšímu větvení.
Pravda však je, že kladistická taxonomie poněkud rozvrací tradiční chápání struktury živé přírody, protože latimerie je podle této koncepce příbuznější člověku než ostatním rybám a samotná skupina "ryby" nedává žádný smysl.
